Karen Nieuwenhuijsen is afgestudeerd in de Gezondheidswetenschappen (afstudeerrichting Geestelijke Gezondheidkunde) aan de Universiteit Maastricht in 1998. Vanaf 1999 werkt zij bij het Coronel Instituut voor Arbeid, Milieu en Gezondheid, alwaar zij in 2004 promoveerde op het onderzoek "Employees with common mental disorders, from diagnosis to return to work". Sinds haar promotie is ze als postdoc onderzoeker op het gebied van arbeid en mentale gezondheid werkzaam bij het Coronel Instituut. Daarnaast werkt ze als consulent arbeidsgebonden psychische aandoeningen bij het Nederlands Centrum voor Beroepsziekten.